Le département de philosophie permet la poursuite d'études de philosophie en thèse de doctorat.
Les doctorants sont rattachés au LHSP - Archives Poincaré où ils disposent de moyens dédiés à leurs recherches (bureau, bibliothèque, etc.) et à L'École doctorale Sociétés, Langages, Temps, Connaissances (SLTC). Un concours (délivrant un contrat doctoral en cas de succès) permet le financement des thèses (pour trois ans).